AI·분자동역학(MD) 기반 신약개발 스타트업 ㈜아토매트릭스(Atomatrix, 대표 이은호)가 설립 1년 만에 세계적 물리화학 분야 학술지 “Physical Chemistry Chemical Physics(PCCP)”에 핵심 연구성과 2편을 연속 게재하며 기술력을 국제적으로 인정받았다며 최근 밝혔다.
해당 연구는 아토매트릭스의 인실리코 신약설계 플랫폼 ‘CANDDIE’의 핵심 모듈 BARon(결합 친화도 예측)과 Allopiper(약리 신호전달 예측)를 실제 질환 표적에 적용해 도출한 성과다.
첫 번째 논문은 김동환 박사가 제1저자로 참여한 ‘Mechanistic Insights into KRAS G12D Inhibitor Binding Revealed by Molecular Dynamics Simulations of Multiple Crystal Structures’로, 난치암 원인 돌연변이로 알려진 KRAS G12D 억제제의 결합 메커니즘을 BARon 기반 분자동역학 시뮬레이션으로 규명했다. 이 연구는 향후 고난도 암 표적 약물 설계의 정밀도 향상에 기여할 수 있다는 점에서 학계의 주목을 받았다.
두 번째 논문은 백용수 박사가 제1저자로 참여한 “Allosteric inhibition of the PCSK9–LDLR interaction: structural insights for small molecule design”으로, Allopiper 기술을 활용해 콜레스테롤 대사 조절 단백질인 PCSK9의 알로스테릭 조절 기전을 규명했다. 이 연구는 경구용 고지혈증 치료제 개발을 위한 새로운 구조 기반 설계 전략을 제시했다는 점에서 의미가 크다.
㈜아토매트릭스는 2024년 5월 설립 이후 1년 만에 TIPS에 선정되고, 올해 서울바이오허브-대원제약 오픈이노베이션 프로그램 참여기업으로 발탁되는 등 기술성과 성장 가능성을 동시에 인정받았다. 또한 국내외 제약기업과 CDA 9건, MOU 2건을 체결하며 협력 생태계를 빠르게 확장하고 있다.
아토매트릭스는 올해 제주에서 열린 비임상학회에서 CANDDIE 알파 버전을 최초 공개했으며, 사용자 의견을 기반으로 2025년 3월 베타 버전 무료 배포를 예고했다. 회사는 2026년 6월 공식 출시를 목표로 AI와 MD를 통합한 SaaS형 CADD 플랫폼 ‘CANDDIE’ 개발을 가속화하고 있다.
이은호 대표는 “세계적 학술성과와 산업 협력 성과를 동시에 달성한 것은 CANDDIE 플랫폼의 실전성을 입증한 결과”라며 “AI와 실험을 지능적으로 연결해 신약개발의 새로운 표준을 만들겠다”고 말했다. 아토매트릭스는 향후 국내외 파트너십 확대와 데이터 기반 약물 설계 고도화를 통해 글로벌 바이오 SW 시장 진출을 본격화할 계획이다.
